企业的组织体系是否健全，对于绩效管理最终能否成功具有很大影响。企业的组织体系健全是指企业内部的组织结构完整而清晰，分工协作科学合理，职责明确而职权对等。如果企业的组织体系不稳定，就会割裂绩效管理过程的连续性。如果决策层、经营层和执行层的职责划分不清晰或者时常越位管理，那么企业内部的权力就会失衡，运行体系就会紊乱，员工也会无所适从，必然造成责任不清、责任感丧失和员工互相推卸责任的情况，导致绩效管理制定的标准不适用，无法做到客观评价，绩效管理最终失去了其应有的意义和作用。
因此，企业在具体应用绩效管理方案时，首先需要仔细评估自身目前的组织体系状况，只有在企业的组织结构清晰、分工职责明确的前提下，绩效管理的考核指标才能具体落实下去，才能真正应用绩效考核提高整个组织的绩效水平。如果企业目前的组织体系还处于比较混乱的状态，职责存在不够明确的状况，那么贸然实施绩效管理就存在较大风险，因为实施绩效管理不可能改变组织体系中不规范的状况，反而可能因组织体系不健全而导致绩效管理失败。
比如一家企业实行的是职能制组织结构体系，组织结构比较稳定，但是，部门职责和岗位职责一直都没有明文界定。在具体业务运作中，该企业总是市场反应迟缓，出现问题后各部门（岗位）互相推诿责任，尤其是在部门（岗位）之间的模糊之处（即位于部门或岗位界面上的责任），没有部门和个人愿意负责，考核谁都觉得委屈，这就属于组织体系不健全的地方-----职责不清。必须合理而明确地界定各部门和各岗位的职责之后，才具备实施绩效管理的前提。
