当企业集团的组织机构确立之后，摆在高层管理者面前的一项首要任务就是如何保障其组织的有效运行，最大限度地发挥其应有的功能。因此，企业集团必须对组织机构的运行情况进行全面监控，并建立健全各种原始记录和统计分析制度，定期采集相关数据资料，对组织进行深入的诊断分析，以便及时发现问题，提出改进对策。
1．对组织中的各个职能部门和业务部门功能的执行情况进行检查。即这些新组建的机构在多大程度上执行了赋予它们的功能，如：
①该部门是否完全履行了自己的职责，做到尽职尽责；
②在考评期内有无事故、投诉等情况发生；
③有无工作延误、推脱、扯皮等情况发生；
④有无存在人力、物力和财力资源的浪费、损失情况(包括有形的和无形的)；
⑤有无出现新的经验、方法和思路。
在查找上述问题的过程中，不仅要发现问题，还要找出产生这些问题的真实原因。
2．对各级组织机构的工作效率进行评定。
具体的考评指标有：
①决策机构的反应速度。即从接到一项上级指令或某种情报信息到正式开始进行研究的时间。
②决策机构的效率与效果。即从收到相关信息到作出决策的时间，以及由于采取该项决策给企业带来了何种收益（包括直接的和间接的）。
③机构的执行能力与执行效率。前者是从总量上考查上级下达的工作计划执行和完成情况，后者是从开始执行某项指令到取得实际成果的时间。为了便于统计分析，可以根据决策执行的复杂难易程度进行分类，制定出分类评价标准。
④公文的审批效率。即一份报告、文件从转到批阅者手中到批复完毕的时间。
⑤公文的传递效率。即从公文发出单位到呈阅单位的时间。
3、对组织中纵向管理与横向管理的协调关系进行定期或不定期的监督检查。所谓“纵向管理”，是指从集团公司总部、所属部门、下属公司，一直到每个所属企业，自上而下的计划、组织、指挥、监督、协调和控制的过程。而“横向管理”是指集团领导层之间、职能与业务部室之间、集团下属公司之间，对这些平行机构及其主管之间的计划、组织、指挥、监督、协调和控制的过程。例如，要对某机械制造集团公司所属组织间横向管理的协调关系进行检查，主要应检查产品零部件制造的协调关系、产品总装配的协调关系以及企业总体内外生产销售的协调关系。
组织学专家认为，要使企业组织有效运行，必须正确处理好三种重要关系。一是直线主管与参谋人员的关系；二是组织集权与分权的关系；三是主管与下属的授权关系。
直线与参谋的关系，实质上是职能部门与业务部门之间、直线主管与参谋即专业人员之间横向管理的协调关系。两者之间的功能定位不同、工作性质和内容不同，因而赋予两者的职责和权限也不同，需要各司其职、各负其责、密切配合、分工协作，才能从根本上保障组织机构的正常有效运行。业务部门及其直线主管对职责范围内的生产经营活动具有决策权、指挥权和处置权，而职能部门及其参谋人员只能行使建议、咨询、服务、计划、监督、检查等方面的职权。
组织集权与分权的关系，实质上是上级部门与下属部门之间纵向管理的协调关系。所谓集权，是指职权的集中，即将企业的决策权大部分集中到较高的管理层，乃至集中到企业的最高层。分权是指职权的分散，它是将企业的决策权通过适当的方式分散到组织的各个层级中去，从而使各个部门的经营管理者对于本部门的工作拥有某种程度的自主权。科学合理的分权有利于调动下属部门的积极性和主动性，节约人力、物力等资源，提高决策效率与工作效率。
主管与下属的授权关系。所谓授权，是指上级主管将组织中的一定权限授予下属，使下属在主管的指导、监督和控制之下，拥有在其业务分工、职责范围内的一定程度的自行决策权和自行处置权。它实质上是集权与分权关系在具体工作岗位上的进一步体现。
总之，为了保障企业组织的有效运行，不但要健全和完善企业组织机构管理信息系统，对组织运行的全过程进行监控，还应及时发现组织机构存在的问题，不断推动企业集团组织机构的变革，才能促进企业的进步和发展。
